张汉超(张晞临 饰)和董琦(黄俊鹏 饰)又在隧道里里外外查找了一遍，没发现有炸药的踪影。而此时的秀爱玲已经启动了保密局新的特务人员系统，躲在了附近。专案组的其它人赶来隧道，将季爱玲(杨凯迪 饰)是049的消息告知了张汉超。杨诚(李乃文 饰)分析如果有第二套遥控引爆装置的话，一定是在一公里范围内，派出所长想起了附近的护林小屋，专案组等人来到小屋外，季爱玲开了冷枪，将所长打伤。双方展开了激烈的枪战，特务加上季爱玲只有三人，但是拥有机枪等重武器。专案组前后包夹，将守在外面的特务打死，同时冲进屋内把季爱玲打成重伤。看到桌上的起爆装置，杨诚立刻紧急排险，在张汉超两人的配合下，终于解除了危险，但季爱玲乘此机会向二人开枪，董琦舍身救下他们，自己却和季爱玲一同中弹，眼见不行了。董琦牺牲了，专案组的每个人想到与董琦的交集，想到董琦年迈的父母，想到董琦为了破获这起案件不被他人所理解和受到的误会，心中万分悲痛。隧道保住了，专列顺利通过，专案组的任务完成，但大家都高兴不起来。专案组和哈尔滨当地公安一起去了董琦家中，但董琦的父亲还是不能理解他，直到看了董琦留给他们的信，而这封信的内容让所有在场的人竦然动容。当董琦的父亲得知儿子保护了专列时，泣不成声，他向公安局长表示儿子的死是光荣的，看着两位老人，专案组和公安局的人都被感动得落泪。专案组赶回北京，但更重要的任务还在等待他们。1949年建国以后，特务活动猖獗，他们把目标瞄准了为新中国做出巨大贡献的学者和知识分子。古建筑学家半夜里被人杀害，凶手手段残忍，而且伪造了现场。一大早上张汉超路过宿舍院，看到发生人命案，进去简单地查勘了现场，因为案件归属于市公安局管辖，他特意叮嘱警察，这不是一起普通的谋杀案。公安部内，周副局长召集专案组众人开会，要求做好国庆的保卫工作，张汉超因为查案迟到，被周副局长批评了几句。会后，专案组又聚到一起，为这次特殊任务开始工作，张汉超回想起早上那桩命案，认为很有可能是特务搞破坏，他和王黎生(叶静 饰)专程再去了现场仔细勘查。