在《警视厅搜查一课9系》加纳系长离开后，9系队伍解散后一年，警视厅成立了新的特别搜查班，9系成员重新集结。浅轮直树(井之原快彦 饰)等刑警在新班长宗方朔太郎(寺尾聪 饰)带领下，继续调查疑难案件。